Apa yang Anda bayangkan tentang tes DNA? Prosedur rumit,
proses medis yang lama, biaya yang besar, mungkin akan terlintas dalam benak
Anda. Namun kini telah hadir MinION, DNA sequencer sekali
pakai, yang menggunakan teknologi yang
jauh lebih hebat, dan ukurannya hanya sebesar USB Flashdisk. MinION ini mampu
sekuensing 100 juta pasangan basa dan hasilnya akan keluar dalam waktu enam
jam. Sampel darah utuh, plasma, dan serum yang diterima oleh perangkat untuk
analisis langsung dan reagen yang dibutuhkan untuk proses analitik selanjutnya
siap untuk digunakan dengan tiap satu unit MinION.
Adalah Oxford Nanopore (ON), perusahaan yang telah
mengembangkan teknologi berbasis nanopore untuk sekuensing DNA, RNA, protein,
dan rantai molekul panjang lainnya sejak kelahirannya pada tahun 2005.
Perusahaan ini baru saja mengumumkan bahwa dalam 6-9 bulan ke depan akan
membawa "pasar sequencer protein yang cepat, portabel, dan sekali pakai" yang
akan mengubah pandangan tentang proses
sequencing yang menghabiskan biaya modal besar yang terkait dengan
peralatan yang diperlukan untuk memasuki lapangan.
Apa itu nanopore? Nanopore adalah molekul organik berpori yang sangat kecil(~
1-2 nanometer). Nanopore tertanam dalam membran polimer sintetik yang hanya dua
molekul ketebalannya. Disebut juga membran lipid bilayer, mirip dengan yang ada di
tubuh, tapi membran bilayer tubuh terbukti terlalu rapuh untuk digunakan dalam
produksi sequencer. Pengembangannya ini berhasil menghasilkan sejenis membran
tipis yang memiliki hambatan listrik yang sangat besar dan cukup kuat untuk
digunakan di lapangan pada sebagian besar proyek Oxford Nanopore.
Berbagai macam molekul dapat dideteksi dan diidentifikasi
dengan menggunakan pengukuran arus ion nanopore, mulai dari molekul fisiologis
atau farmasi kecil untuk protein. Namun, MinION diarahkan untuk sekuensing DNA,
sehingga nanopore dan enzim dalam cairan elektrofisiologi dioptimalkan untuk
membedakan empat asam amino (adenin, sitosin, guanin, dan timin) yang
menyandikan gen dalam DNA. Dalam hasil akhir, tiga asam amino dibaca secara
bersamaan oleh nanopore, yang memiliki keahlian untuk membedakan antara 64
kemungkinan kombinasi.
MinION ini telah berhasil digunakan untuk membaca genom
dari bakteriofag lambda, sekitar 48500 pasangan basa panjang, dua kali
dalam satu proses. Hal ini dilakukan dengan menutup akhir DNA dengan penutupan
jepit rambut, sehingga kedua untai dalam genom akan melewati nanopore yang
sama. Namun membaca sekitar 100.000 pasangan basa dalam DNA tunggal yang rumit
harus tetap menggunakan teknik sekuensing yang lebih tradisional. Jika Anda tertarik
memiliki alat canggih ini, Anda harus merogoh kocek sebesar US$ 900.
Sumber
: Oxford Nanopore
0 Tanggapan:
Posting Komentar